陈祖仁的父亲陈安国，常州晋陵尹。陈祖仁出身官府人家。虽然其貌不扬，还害了一只眼，但是他伟然而议论宏远，而且刚正、有气节，博学能文。
　　至正二年，陈祖仁举进士第一，授翰林修撰。而后，任同知制诰兼国史院编修，历官太庙署令、太常博士，迁翰林待制。出佥山东肃政廉访司事，擢监察御史。陈祖仁复出外任，为山北肃政访司副使，召拜翰林值学士。擢侍讲学士，授参议中书省事。
　　至正二十年，皇帝欲重修被红巾军焚毁的上都宫阙、工役大兴。陈祖仁上疏言道：“过去，皇帝不幸遇到多种困难时，谁不想要奋发有为，建立不世大功，光耀0家业。如果上不奉天道，下不顺民心，缓急失宜，举措不当，虽现在是无事之秋，还有可能召致混乱，更何况要想拨乱反正呢？上都宫阙创建自先帝，历朝修葺。自经兵火焚毁殆尽，此固然是皇上日夜痛心的地方。更应该着眼于兴国大计。如今四海未靖，疮痍未治愈，仓库空虚，财用将竭尽。要想驱使疲备百姓兴建大工役，使他们荒废耕耨、田亩，与扼着咽喉、夺走口粮、逼死他们有什么两样呢！陛下追念0的宫阙尚且如此，然而为什么不思考一下今日最应当恢复的所在？假如上都宫阙未修复，以天下为务，信赏必罚，用来驱策英雄，亲贤人，远邪佞，用来图谋大治之道。真这样，那么，娱乐升平都不远，何况上都宫阙！”皇帝听了此番道理，采纳了他的谏言。陈祖仁的“首先当兴复的生养民力为本，天下恢复是当务之急。愿亲贤臣、远邪佞，赏罚分明以驱动能士，达到国家治理”主张是兴国建业的治国纲要。皇帝赞赏他的意见。
　　至正二十三年（1363），陈祖仁出任治书侍御史。资政使朴不花、宣政使橐驩，内依仗皇太子，外交结丞相，干些骄横恣肆不法的事。监察御史傅公让上奏章揭露他们的罪过。惹恼了皇太子，被贬迁吐蕃任宣慰司经历。别的御史只要上疏谏言，全都贬谪、外任。陈祖仁毫不畏惧，又--宦官不法，疏谏皇太子外接不法。陈祖仁说：“御史所参劾橐驩等奸邪事，并非御史一已之私，是天下公论。今后太子殿下未赐详察，总加阻抑、摈斥御史、责备台臣，使奸臣祸国的情况到不得皇帝耳边，这也是罪过。天下是0留下的天下；台谏的设置是0建立的。你连一切都不顾，不念及0吗？”陈祖仁的疏奏让皇太子恼怒，皇太子命令御史大夫老的沙-陈祖仁。陈祖仁又上疏，说：“今橐驩等二人的奸恶，天下知道，独殿下不知。”皇太子将此事告诉朴不花、橐驩，全自已免官；又命老的沙告谕陈祖仁等。陈祖仁再一次上疏：“区区二竖犹不能除，何况大事。愿陛下俯听台谏之言，摈斥二人，不令他们以辞职为史，成其奸计。使海内皆知陛下信赏必罚。如果优柔寡断，那么臣宁饿死田野，誓不与他们同列朝中。”皇帝大怒。贬陈祖仁为甘肃行省参知政事。当时天气寒冷，陈祖仁单衣上路，将女儿托付给好友朱毅。至正二十四年（1364）七月，孛罗帖木儿入中书省为丞相，陈祖仁出任山北道肃政廉访使，召拜国子祭酒，迁枢密副使。陈祖仁由于多次上疏言军政利害未被采纳，自行辞职。后来又被召回，历任翰林院学士，拜为中书参知政事。这时，天下大乱。陈祖仁性格刚直，与宰辅议论，多次不合，于是先超授荣禄大夫，后回到翰林院为学士。不久，迁太常礼仪院使。至正二十七年，明兵攻取山东，陈祖仁-建言重用扩廓帖木儿以救朝廷危急，未被采纳。至正二十八年秋，明兵攻到北京近郊，皇帝命陈祖仁守太庙。不多时，明兵攻破京城，陈祖仁死在乱军之中。时年55岁。
　　陈祖仁负气刚正，坦诚进言，尽职尽责。他的学识广博而精深、才学通达。善于诗文，文章质朴而诗词清丽，在世上很多被人们所称道、流传。